Hola, ¿están hablando de los documentos reconocidos del CTE?
Yo creo que no es necesario indicar el programa. Por ejemplo, yo utilizo el CYPELEC (con licencia

) para cálculo de electricidad, y genera una memoria donde justifica los cálculos (formulas, etc) y da tablas de resultados. Incluyo esa memoria en mi proyecto como si yo lo hubiera calculado a mano, y como en cualquier caso es mi responsabilidad, a nadie le interesa si he usado programa o no.
Otra cosa es el Registro General y los documentos reconocidos de los que habla el CTE, que por ahora sólo está reconocido el programa LIDER de cálculo de la envolvente térmica. Entonces, supongo que si dices en el proyecto, se ha calculado tal cosa con el programa tal que es un documento reconocido, pues es una garantía de que cumple con el CTE y no tendrás que justificar esa parte.
Pero es una suposición.