Si la actividad ya esta en uso, deberás incluir en el presupuesto unicamente las medidas correctoras.
Si tampoco hay medidas correctoras, entonces el presupuesto será de 0 euros. Lo que pasa es que raramente tendrás 0 euros, ya que si das licencia a una actividad será por que es una apertura nueva, una reforma de importancia, un cambio de uso, etc, o bién por que no la legalizaron en su día. En este último caso, en algun ayuntamiento me han exijido que lo presupueste como si se tuviera que hacer todo desde el inicio.
Por aquí se dan los ayuntamientos pequeños que te sacan las tasas en función del presupuesto que tu presentas, y si no presentas no les entra en la cabeza