Básicamente, tu empresa tendrá una serie de procesos: compras, ventas, producción etc. A partir de ahí tienes que decidir que aspectos te interesa controlar y buscar algo que te permita tenerlo controlado.
Ejemplo: proceso de compras, si lo que me interesa es que el departamento de compras compre al mejor precio, mi indicador será el coste de la materia prima, si mi interesa que los niveles de materia prima sean adecuados, el indicador serán los niveles de stok, si me interesa la calidad del producto comprado mi indicador serían las no conformidades atribuibles a proveedores o el numero de devoluciones...
A partir de ahí has de decidir como se calcula en indicador (se recomienda que los indicadores sean porcentuales o relativos en la medida de lo posible para poderlos comparar mejor), cuales son sus valores de referencia, con qué frecuencia se calcula(semanal, mensual, trimestral...) y quien es el responsable de: 1. Tomar los datos, 2. Calcular el indicador, 3. Analizarlo.
Los indicadores deberían ser lo más sencillos y fáciles de calcular que sea posible, si es posible a partir de datos que la empresa ya tenga. Es mejor tener indicadores sencillos que no den toda la información del proceso a indicadores que requieran muchos datos y cálculos. Cuando veas que un indicador se sale de madre ya tomarás acciones correctivas y controlarás el proceso más estrictamente.
Por último, los indicadores, igual que el la mayoría de documentos del sistema de calidad, son vivos. Es decir están sujetos a revisión y modificación constante. Cuando sea necesario se crean nuevos y se eliminan los que no sean necesarios.
Espero que esta parrafada te sea útil.