Si subes un croquis o algo parecido siempre es mucho mejor. Pero así a bote pronto con independizar una estructura de la otra y dejar un hueco entre ellas creo que te debería bastar. No creo que necesites una "junta" propiamente dicha. Podrías también calcular la dilatación previsible [por resistencia de materiales: (IncrementoL=alfa·L·(incrementoT)] y por tanto el incremento de L, y así saber el ancho de dicho espacio (ojo que tendrías que dejar el doble de lo que salga, ya que son dos las hileras que confluyen en la misma junta, una por cada lado). Con unos pocos centímetros debería ser suficiente.
Por otro lado, la longitud de cada hilera "independiente" debería ser un múltiplo de la longitud de las placas, para que así te quepa un número entero de ellas en cada hilera.
A ver si alguien ducho en el tema lo corrobora
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y suerte