Curioso, ese trabajo se hace también en las escuelas españolas (al menos en la que yo estuve).
Para lo que necesitas plantéate primero como va a ser el recorrido del material dentro de la nave. Normalmente se tiene una sola fachada principal con una o dos puertas. Si tienes dos puertas utiliza una como entrada de material y otra como salida. Si tienes una, tendrás que darle ambos usos a la misma. En el caso de dos puertas, lo mejor sería un recorrido en U. Si tienes una, el recorrido sería circular.
Para los almacenes (es mejor tener varios o tenerlos bien sectorizados). Tendrás que tener un almacén de entrada de materias primas, cuanto más cerca de la entrada mejor. Si tienes espacio suficiente, poner un puesto de inspección no estará mal. Necesitarás un almacén de salida, que sí que tiene que tener un puesto de inspección o, incluso, el departamento de calidad cerca del mismo. En medio del recorrido, deberás tener acceso a un tercer almacén o sector, el de utillaje. A ser posible, junto al puesto del jefe de taller.
El orden de las máquinas de mecanizado no es muy claro si no se sabe qué se va a producir exactamente. Depende mucho de las piezas que vayas a hacer. Desde luego, las grandes máquinas de desbaste en la entrada y las máquinas de acabado y los taladros al final (los agujeros son muy importantes y hay que dejarlos bien taladrados

). Si tienes algún centro de mecanizado de tamaño medio ponlo en el centro de la nave. Cortadoras en la entrada. Plegadoras cerca del final. Tornos antes que fresadoras. Si tienes zona de oficinas, haz una planta encima si tienes altura. Si no la tienes, entre las dos puertas si tienes dos puertas o al lado del almacén de salida de material (normalmente más limpio que los otros).