Hola, el Metal 3D es muy adecuado si vas a hacer la nave de estructura metálica. Si utilizas además el Generador de Pórticos te será muy fácil definir la geometría del pórtico y las cargas que va a soportar.
De CYPECAD se bastante poco pero estoy peleándome con él, pues también soy un novato, pero es bastante utilizado en edificaciones de estructura de hormigón, cimentaciones especiales... (de todos modos Metal 3D también te permite calcular las cimentaciones de zapatas más comunes). Por cierto, ¿acaso tu nave industrial se trata de un trabajo o un Proyecto de Fin de Carrera para la Universidad? Se ve a mucha gente pidiendo ayuda para estos temas por aquí (yo fuí uno de ellos

), y ese caso yo diseñaría una estructura metálica que no deja de ser un trabajo laborioso, pero más sencillo que una estructura de hormigón desde mi punto de vista.
Sobre tu otra pregunta, me imagino que te referirás a las tablas de las características de los materiales, que yo las dejaría como está si no vas a hacer una megaconstrucción en las que requieras de aceros u hormigones especiales. El acero S275 y el HA-25 son bastante comunes.
Por otra parte concreta algún dato más sobre lo que piensas hacer, con los pocos datos que das no te puedo decir mucho más, salvo darte la bienvenida, y mientras cumplas con las normas del foro y demás habrá mucha gente experta dispuesta a ayudar