Muy bien, te pudo decir que en todo caso a quien deberás proteger es al generador. Ya que es de bajo voltaje (tensión) te limita un poco en la utilización de relés de protección (el Crompton SPR-014 es excelente y barato para medio voltaje). Como mencionaste que tendrás más de un generador esto es lo mínimo que debería contener el breaker (interruptor automático, etc.) a instalar para proteger a cada uno:
Instantáneo de corriente (intensidad) por fase (IEEE # 50)
Protección de tiempo de corriente por fase (51)
Instantáneo de corriente de tierra (50G)
Protección potencia direccional (32R)
Si el costo no es problema entonces estas otras funciones te serán útiles:
Protección de tiempo de corriente de tierra (51G)
Protección direccional de VAR (40Q)
Baja y Alta frecuencia (81O y 81U)*
Baja y Alta voltaje (27 y 59)*
*muchos generadores ya lo traen el tablero de comandos.
Ej.: Breaker con funciones
www.geindustrial.com/publibrary/checkou ... E-411A|PDF
En cuanto al transformado lo ideal es como mencionaste, triangulo-estrella. Ya que la configuración delta (triangulo) te ayudara al balanceo de cargas y a una fácil detección de fallas a tierra. Es mas, puesto que no tendrías cargas monofásicas, el ajuste del relé 50G seria bien bajo y si instalas el TC (transformador de corriente) entre el puente de conexión del neutro del generado y el punto de tierra (para generadores conectados en estrella) te serviría como protección diferencial de los devanado (capos, bobinas) del generador.
La secundaria en estrella te daría una referencia a tierra. Muy útil para cargas monofásica, para evitar dañar los pararrayos (apartarrayos, etc.) y si hay alguna falla por ahí.
No estoy seguro como aislaras el sistema de distribución de la utilidad del sistema de el generador, de eso necesitaría mas información. Si vas a tener más de un generador necesitaras un sistema de sincronización automático.
Espero que hayas entendido mi jerga.
¡El conocimiento es derecho de todos!
Espera que por ahí viene más.... 
