Buenas, por mis hobbies he trabajado mucho con PHP (en nivel de programación seria intermedio -avanzado), estuve en proyectos libres del desarrollo de un juego en linea y con el aprendi lo que el "mal" código, la falta de "optimización", exceso de "cuellos de botella" y la mala elección de un lenguaje puede hacer.
Si necesitas calculo numérico muy preciso, no se si te recomendará PHP. Si podes armar tu propio servidor, apunta a Python+django o algun otro que permita el desarrollo web. Digo esto porque python incluye herramientas de calculo bastante avanzados (numpy, Scipy...) cuyo resultado lo podes plasmar en una imagen o texto. Igual esto requeriría que vos desarrolles la aplicación.
Ahora, a tus dudas con PHP:
- Existen numerosos sistemas cms, openchart y otros bajo licencia GPL que podes usar para la aplicación. Pero claro, te limita la licencia. Solo googlea...
- Podes armar tu propio sistema usando clases pre armadas y conectandolás. Anda a
http://www.phpclasses.org/. Lo que estaria licenciado son las clases para acceso a base de datos, autentificación, captcha, pero no el programa que armes.
- Podes armar tu propia web con un framework (simphony, yii, zend framework...) Eso sería tuyo.
Desde mi punto de vista, estoy a favor del software libre asi que no me gusta tu idea de "copiar (robar)" códgio. Además si usas algo hecho por otro para una alternativa laboral y no conoces las fortalezas y debilidades de lo mismo, el servicio que prestarás no se si será lo más competente. Tenes que dedicarle tiempo para dar un buen servicio y asi recibir una buena remuneración.