Ignoro el tema des de el punto de vista de la Mutualidad, por ello hablaré sólo desde el punto de vista del régimen de autónomos (Seguridad Social).
Yo no me la jugaría,

más vale cubrirse las espaldas. Te podrías dar de alta de autónomos sólo un mes de cada semestre y facturar entonces los trabajos (aunque deberás presentar trimestralmente las declaraciones IVA,etc.., con valor cero si no facturas).
Otra opción sería que el empleador te diera de alta/baja laboral unos pocos días periódicamente -por ejemplo 10 días cada tres meses- y te pagara entonces con nómina.
Desde otro punto de vista, recuerdo

que encontré alguna sentencia judicial algo antigua referente a trabajos de poca dedicación (creo que eran referentes a un agente de seguros) que declaraba que si se facturaba por debajo del salario mínimo, la SS no podía reclamar la afiliación a autónomos. Pero eran para estos casos concretos de agentes de seguros (quizás no sería generalizable). Si consultas a un abogado de laboral las podrá encontrar en Aranzadi, pero se trata de sentencias de casos concretos.
Creo que en estos casos en realidad tu no eres el que debería facturar, sino que tu empleador debería hacerse una autofactura con tu nombre. Esto no lo sé seguro, quizás alguien pueda ofrecer mayor información.
Saludos.